试图使用 autodE 得到构象异构体，然而 autodE 的构象异构体完全使用力场方法，且速度慢，固考虑使用 crest 搜索构象异构体
xtb 的计算时间是可以接受的。
完成了远端接近法来得到双分子构象。然而尚未完成对齐脚本。
目前的对齐方案是，选取切断原子附近的数个（2个）原子，使用其构成的面与独立补齐取代基的分子片段优化出的结构进行面的手动搜索的最小偏离对齐，两个片段都拼接上来之后， 对原重合片段，求出其 RMSD。更换取代基，继续操作，可以得到一个和分子结构绑定的类似于位阻的概念（或许是可以描述的）。
如果要进行全分子的对齐，需要额外写全空间搜索的RMSD-空间函数进行细化评价
考虑在可视化的时候，注意两个片段，取代基，以及原分子的两个片段都应该使用合适的渲染颜色块。(这个的实现方式尚不清楚，作为附加模块)
3.21 更新
autodE 时间效率严重不行，否决
crest 结果上丰富，但可靠性存疑
gaussian 结果上靠谱，但时间过长
xtb 结果上不丰富不靠谱，但速度快
现在的切断法为，键中间直接在 1/3和 2/3 位置插入两个 H，然后 xtb 优化
不再进行对齐，转而使用https://github.com/charnley/rmsd，使用 Kabsch 算法(也可以考虑用其他的)
渲染问题可解决，目前的新版本的方案是只给出分子的切断的单键标注。考虑给出分子重叠图（在上述 github 仓库中有相关说明）
目前需要补完 crest 的部分，考虑是在算完 xtb 后逐一手工确定计算，防止崩溃。